Os Estudos Faunísticos, caracterizados como Diagnóstico e Monitoramento de Fauna,  tem por objetivo avaliar a ocorrência de espécies e analisar a resposta da fauna as alterações ambientais geradas pela implantação de empreendimentos causadores de impacto ambiental. Busca levantar dados que venham a subsidiar estratégias de conservação destes organismos e diminuir os impactos negativos sobre a comunidade faunística.

O Diagnóstico de Fauna é realizado em campanhas que contemplam as sazonalidade do local estudado, realizadas antes do início de qualquer atividade com o intuito de avaliar o impacto ambiental da futura implantação do empreendimento sobre os grupos faunísticos, compondo o EIA RIMA como parte obrigatória dos estudos a serem apresentados para obtenção da LP.

O monitoramento de fauna é realizado na forma de campanhas, com periodicidade variada, de acordo com os grupos faunísticos em questão. Essas campanhas têm início antes da instalação do empreendimento e se estendem até a fase de operação.

Grupos comumente estudados são Entomofauna (insetos), Ictiofauna (peixes), Herpetofauna (anfíbios e répteis), Avifauna (aves) e Mastofauna (mamíferos).

A Ecoflora já elaborou, supervisionou e executou diagnósticos e monitoramentos de fauna para empreendimentos como: Hidrelétricas e Supressão da Vegetação para implantação de empreendimentos agropecuários.